Halloween Merge ist ein Mystery-Merge-Spiel mit übernatürlichen Elementen. Nachdem eine junge Frau namens Chloe ein Familienerbstück gefunden und getragen hat, wird sie in eine seltsame Welt transportiert, in der Magie und Übernatürliches existieren. Der Spieler versucht, ihr bei der Bewältigung ihrer familiären Pflichten zu helfen, in der Hoffnung, dieser Welt zu entkommen und in ihre eigene zurückzukehren. Sie können ihr nur helfen, indem sie Fusions- und Renovierungsaufgaben erfüllen.
Chloe erfährt, dass das magische Herrenhaus ihrer Familie dringend renoviert werden muss. Doch sie hat weder das Werkzeug noch die Energie oder das Geld, um die einzelnen Aufgaben zu erfüllen. Der Spieler generiert Gegenstände aus Werkzeugkisten. Anschließend werden die Gegenstände miteinander kombiniert, um neue zu erstellen. Zu den Gegenständen gehören Reinigungsmittel, Gartengeräte und Samen, magischer Staub und Tränke, rohe und ganze Baumaterialien und Dekorationen.
Nachdem der Spieler einen Gegenstand verwendet hat, um einen Teil der Renovierung abzuschließen, erhält er Sterne, Münzen, Energie und zusätzliche Gegenstände. Manchmal erhält er auch Edelsteine und Geschenkkisten als Belohnung.
Halloween Merge bietet dem Spieler mehrere Nebenquests. Zum Beispiel ist Chloes Tante aus der Gegend verschwunden. Der Spieler muss Chloe helfen, das Zauberbuch der Familie zu finden, um nach Hinweisen auf ihre Tante zu suchen. Das Spiel schaltet schließlich eine Dorfphase frei, in der die Geschichte fortgesetzt wird und auch das Spiel zusammengeführt wird.