Funny Bone Surgery ist ein Karriere-Simulationsspiel. Der Spieler muss ein kleines Mädchen behandeln, das sich schwere Verletzungen zugezogen hat, nachdem es beim Skateboardfahren abgelenkt wurde und gegen eine harte Metallstoßstange eines geparkten Autos prallte.
Der Spieler führt Behandlungen durch, wie sie in der Notaufnahme üblich sind. Obwohl das Spiel viele der Hilfsmittel bereitstellt, die das medizinische Personal in einer ähnlichen Situation verwenden könnte, enthält es auch unrealistische Aspekte, die es jüngeren Spielern leichter machen, komplizierte Behandlungen zu verstehen. So führt der Spieler beispielsweise äußerst grundlegende medizinische Schritte durch, die Konzepte wie Anästhesie und Röntgenstrahlen einführen. Außerdem heilen sie Wunden fast augenblicklich und töten anthropomorphe Keime mit einem scharfen Gegenstand.
Wenn der Spieler alle medizinischen Aufgaben erledigt hat, erhält er die Möglichkeit, ein Makeover durchzuführen. Er kann die Farbe, den Stil und die Länge der Haare des Mädchens ändern. Er kann ihre Kleidung, ihr Tragetuch, ihren Schuh, ihren Gips oder Stiefel und ihren Stock aktualisieren. Sie können auch manuell dekorative Accessoires für ihr Gesicht hinzufügen. Außerdem bietet das Spiel einen Zufallsgenerator-Button, der mit Fragezeichen auf einem Würfel markiert ist und automatisch Gegenstände auswählt.
Funny Bone Surgery belohnt den Spieler jedes Mal, wenn er eine bestimmte Aufgabe erfüllt. So erhält der Spieler beispielsweise eine Belohnung, wenn er den gesamten Schmutz entfernt, zum ersten Mal medizinische Werkzeuge benutzt, geprellte Augen heilt, Keime beseitigt, alle Rätsel löst und alle Verkleidungsgegenstände und Accessoires ausprobiert.