Fruit Drop Master ist ein Suika (Wassermelone)-Mischspiel, das eine lustige Geschichte mit fünf Kapiteln enthält. Der Spieler muss Paare von identischen anthropomorphen Früchten in einer Kiste zusammenfügen, um die Stücke in andere Obstsorten zu verwandeln und Hämmer zu verdienen, die ihm helfen, Bau- und andere Aufgaben in einem separaten Bereich zu erfüllen, in dem die Geschichte spielt. Außerdem erhalten sie Punkte und können Tickets einlösen.
In einem Raum mit gestreifter Tapete fügt der Spieler Kirschen, Blaubeeren, Limetten, Trauben, Orangen, grüne Äpfel, Pfirsiche, Kokosnüsse, Drachenfrüchte, Ananas und Wassermelonen zusammen. Sie können ihren Fortschritt verfolgen, indem sie die Entwicklung der zusammengefügten Stücke auf einer schwungvollen Linie unter dem Feld verfolgen.
Der Spieler lässt die Teile von einem Baumast fallen. Er kann die Abwurfstelle mit seinem Cursor oder einer vertikalen Ziellinie auswählen. Das Spiel erleichtert das Zusammenfügen, indem es vier Booster oberhalb des Kastens anbietet. Diese Werkzeuge entfernen die kleinsten Früchte, lassen eine Zielfrucht explodieren, heben eine einzelne ausgewählte Frucht auf die nächste Evolutionsstufe und schütteln die Kiste, um Paare automatisch zu verschmelzen. Zugang zu den Werkzeugen erhält der Spieler mit Tickets und Werbeeinblendungen.
Fruit Drop Master besteht aus fünf Kapiteln: "Das Wunder", "Das Experiment", "Der Unfall", "Das Picknick" und "Das Gruseligste". Nachdem der Spieler genug Hämmer gesammelt hat, kann er zum Story-Bildschirm zurückkehren und die Teile verwenden, um verschiedene Aktionen auszuführen.