Farm Mahjong 3D ist ein dreidimensionales Block-Matching-Spiel. Auf einer Wiese muss der Spieler Paare von Holzblöcken mit Bauernhof- und Freiluftmotiven aus Stapeln in verschiedenen Levels entfernen, bevor die Zeit abläuft. Ihr Ziel ist es, die höchstmögliche Stufe und Punktzahl zu erreichen, während ein sechsminütiger Timer auf Null herunterzählt.
Das Spiel zeigt in jedem Level ein anderes Stapelmuster an. Auch die Symbole auf den Blöcken ändern sich von Level zu Level. Zum Beispiel zeigen die Muster typischerweise eine Mischung aus landwirtschaftlichen Produkten (z.B. Brotlaibe, Käselaibe und Milchflaschen), Tieren (z.B. Vieh, Haustiere und wilde Tiere), Gartenartikeln (z.B. geerntete Früchte, Nüsse und Gemüse oder Werkzeuge), natürlichen Elementen (z.B. Sonne oder Wasser) und sogar Strukturen (z.B. verschiedene Farben von Scheunen und Schuppen).
Wenn der Spieler ein Paar auswählt, erscheinen die Blöcke in der Nähe des Punktestandes in der oberen rechten Ecke, bevor sie vom Spielfeld verschwinden. Wenn der Spieler kein passendes Paar findet, kann er den Stapel zur Seite und nach oben und unten drehen, um eine bessere Sicht zu erhalten. Außerdem kann er die Blöcke mit dem Werkzeug "Mischen" im unteren linken Bereich neu mischen und mit dem Werkzeug "Hinweis" im unteren rechten Bereich ein Paar automatisch entfernen. Um diese Werkzeuge weiter nutzen zu können, müssen sie Werbung sehen.
Farm Mahjong 3D bietet mehrere Boni. Wenn der Spieler alle drei Sekunden ein Paar findet, erhält er einen X2-Punkte-Bonus. Er erhält X5, wenn er nacheinander die gleichen Symbole findet. Und schließlich gibt es einen Zeitbonus von 0,05 für das Beenden eines Levels.