Cute Cubes ist ein Blockpuzzlespiel mit niedlichen anthropomorphen Würfeln in Polyominoformen. Das Ziel des Spielers in allen Modi und Levels ist es, alle ungenutzten Plätze auf den Spielfeldern mit den Formen zu füllen.
Das Spiel bietet sechs Modi (Anfänger, Leicht, Mittel, Schwer, Superschwer und Unmöglich) mit vielen lustigen, einzigartigen Levels zum Freischalten. In jedem Level kann der Spieler die Felder nur mit den Formen füllen, die für den jeweiligen Modus vorgesehen sind.
Der Schwierigkeitsgrad steigt mit der Anzahl der Formen, die der Spieler erhält, um die Lücken zu füllen. Im Anfängermodus erhält er drei bis vier Formen und kleine Spielfelder. Dadurch ist es für den Spieler einfacher, die richtige Position für jede Figur herauszufinden, da es nur wenige Möglichkeiten gibt.
Cute Cubes macht das Spiel schwieriger, indem es in späteren Levels zusätzliche Formen hinzufügt, wie 11 bis 12 Formen für Super Hard und 13 bis 14 Formen für Impossible. Außerdem werden die Levels durch zusätzliche Hindernisse erschwert. Zum Beispiel muss der Spieler von Zeit zu Zeit Formen um einen oder mehrere feste Steinwürfel legen.
Das Spiel hilft dem Spieler auf verschiedene Weise. Zum Beispiel sind die Formen nicht klebrig, was bedeutet, dass der Spieler eine Form so oft wie möglich in jede verfügbare Position setzen kann. Außerdem gibt es Hinweise für 50 Münzen pro Hinweis.
Wenn der Spieler gut abschneidet, erhält er Münzen und Sterne. Außerdem erhält er eventuell Geschenke.