Cubito ist ein Arcade-Endlos-Runner mit Elementen, die an Schlangenspiele erinnern. Der Spieler muss eine Schlange oder einen Zug aus magentafarbenen Würfeln über zwei Schienen aus neongrünen Würfeln lenken, die in einer lilafarbenen, dem Weltraum ähnlichen Region schweben. Die einzige Aufgabe besteht darin, die Würfel so lange wie möglich auf einer der beiden Schienen zu halten, um die beste Punktzahl zu erreichen.
Wie bei Schlangenspielen kann der Spieler Würfel von seiner Schlange/Zug verlieren, wenn es ihm nicht gelingt, sie um Hindernisse auf den Schienen zu lenken, darunter lila Wände und rosa Barrieren. Die Strecken haben auch kurze und breite Lücken, die es dem Spieler erschweren können, die Entfernungen und die verbleibende Strecke in einem Abschnitt abzuschätzen. Das Spiel verfügt über rote, umgekehrte Gleise, deren Berührung tödlich ist und die die grünen Gleise ausdehnen und zusammenziehen, was das Erkennen der Lücken noch schwieriger macht. Außerdem gibt es weiße Geschwindigkeitswürfel mit Pfeilen, die dafür sorgen, dass sich die Würfel des Spielers zu schnell auf einer Strecke bewegen.
Wenn der Spieler auf ein Hindernis stößt oder es nicht schafft, teilweise auf einer grünen Strecke zu bleiben, verliert er magentafarbene Würfel. Wenn seine Würfel gegen ein Hindernis prallen oder durch eine Lücke fallen, verliert er das Spiel. Der Spieler muss dann neu starten und versuchen, sein letztes Ergebnis zu übertreffen.
Cubito bietet ein Heilmittel, das dem Spieler die Möglichkeit gibt, auf den grünen Bahnen zu bleiben. Jedes Mal, wenn der Spieler die Würfel durch einen magentafarbenen Würfel mit einem Herz darauf lenkt, wächst die gesamte Schlange/der gesamte Zug wieder auf seine ursprüngliche Größe an.