Crystal Fairy ist ein zeitlich begrenztes 3-Gewinnt-Puzzlespiel, das in einer Welt spielt, in der viele verschiedene Arten von Kristallen in Höhlen und über der Erde wachsen. In 25 Levels hilft der Spieler der Kristallfee dabei, magische Kreaturen zu züchten, indem er Tierkarten auf mit bunten Juwelen gefüllten Tafeln sammelt. Sie versuchen auch, eine extrem hohe Punktzahl zu erreichen.
Der Spieler kann diese Hilfe nur über das Match-3-Tauschspiel leisten. Er tauscht zwei nicht passende Juwelen aus, um mit einem einzigen Zug eine horizontale oder vertikale Linie von mindestens drei passenden Juwelen zu bilden. Jeder Tausch hilft ihm, Teile einer Tierkarte, ähnlich wie Puzzleteile, in Spalten bis zum Ende des Spielfelds zu schieben. Das Spiel verschiebt dann die Teile auf ein Feld oben links, um die Karte neu zu gestalten.
Sie müssen jede Aufgabe erfüllen, bevor der Timer im unteren linken Bereich auf Null herunterzählt. In diesem Bereich kann der Spieler auch seinen Punktestand festhalten.
Crystal Fairy hat Powerplay-Möglichkeiten. Wenn der Spieler zweimal die gleiche Farbe von Juwelen in einer nicht unterbrochenen Reihe entfernt, aktiviert das Spiel hilfreiche Kräfte mit Hilfe von geladenen Kristallen, die im oberen rechten Bereich erscheinen. Grüne Kristalle entfernen zufällig drei Juwelen vom Brett, violette Kristalle entfernen fünf in einer Plusform, gelbe Kristalle geben zusätzliche Zeit, blaue Kristalle entfernen ein Juwel unter einem Kartenstück und rote Kristalle entfernen neun.
