Color Lines: Microbes ist ein Logik-Puzzlespiel, das auf dem Klassiker Color Lines von 1992 basiert. Es bietet dasselbe Element mit übereinstimmenden Gegenständen, aber die Kugeln wurden zu Mikroben umgestaltet. Das einzige Ziel des Spielers ist es, so viele Mikroben wie möglich und so lange wie möglich von einem zweifarbigen, hellblauen Schachbrett zu entfernen.
Zu Beginn des Spiels werden nur wenige Mikroben auf das Spielfeld gelegt. Um diese Mikroben zu entfernen, muss der Spieler fünf gleiche Mikroben in einer Spalte, einer Reihe oder diagonal anordnen. Dies geschieht, indem er zuerst eine Mikrobe und dann ein leeres Feld auswählt.
Allerdings erlaubt das Spiel dem Spieler nicht, Mikroben über blockierte Pfade zu bewegen. Eine Mikrobe kann sich nur bewegen, wenn es einen freien horizontalen oder vertikalen Weg zu einem neuen Ort gibt.
Color Lines: Microbes bietet drei zeitsparende Tools. Es zeigt eine Vorschau der nächsten Mikroben an, die auf dem Spielbrett in Zellkulturschalen im unteren rechten Bereich erscheinen werden. Es platziert nicht-blockierende rote Sporen auf Pfaden, um anzuzeigen, wo zukünftige Mikroben während eines Zuges erscheinen werden. Der Spieler kann Mikroben durch oder auf Sporenfelder lenken. Das Spiel bietet auch eine Schaltfläche zum Rückgängigmachen von Zügen im unteren rechten Bereich unter den Zellkulturschalen. Der Spieler kann damit jeweils nur einen Zug rückgängig machen.
Der Spieler kann seine Position auf einer globalen Rangliste überprüfen, indem er das Papier links neben dem Spielbrett auswählt. Mit den Schaltflächen unter dieser Liste kann er die Musik- und Lautstärkeeinstellungen anpassen.