Cargo Ship ist eine Simulation des Seetransports mit Elementen des Seehandels und der Einkommenssteigerung. Das Spiel simuliert die Karriere eines Frachtschiffkapitäns. Der Spieler lernt die Grundlagen des Navigierens eines Frachtschiffes um Landmassen, das Befahren verschiedener Wasserwege, das Besuchen von Häfen und das Finden, Kaufen und Verkaufen von Frachtcontainern.
Die weiße Wolkendecke verdeckt zu Beginn des Spiels die meisten Landmassen. Der Spieler sammelt im Wasser treibende Container ein und besucht Häfen, um weitere Container zu erhalten oder zu kaufen. Dann verkauft er die Container an den Orten, an denen er am meisten Geld verdienen kann, und verwendet die Münzen, um die Wolken zu entfernen und neue Möglichkeiten freizulegen, wie z.B. weitere Wasserwege, Buchten, Halbinseln, Inseln und Städte.
Zusätzlich entdeckt der Spieler Strukturen, die passive Einkommensströme erzeugen. Er baut die Stätten aus und kehrt ab und zu mit seinem Schiff zurück, um kostenloses Geld abzuholen. Geld erhält er auch, wenn er nach dem Öffnen von Schatztruhen Werbung anschaut.
Cargo Ship bietet viele lustige Nebenquests und Aufgaben. Der Spieler erhöht die Kapazität und Geschwindigkeit des Schiffes, indem er für Längen-, Höhen- und Geschwindigkeits-Upgrades bezahlt. Außerdem kann er sich mit Edelsteinen dem Händler der Tore von Atlantis nähern und den Dreizack von Poseidon finden.
