Capybara Screw Jam ist ein Sortierspiel mit einem niedlichen Wasserschwein-Thema und Elementen aus den Unterkategorien Eisenwaren und Parkplätze. In einem südamerikanischen Fluss schwimmen Wasserschweine im Wasser und halten bunte Behälter, die mit weißen Pfeilen markiert sind. Ihre Anordnung sieht aus wie ein Stau. Am nahen Ufer sind riesige Formen mit aufgemalten Kugeln angeschraubt. Die Aufgabe des Spielers ist es, die Wasserschweine zu den Lotusblättern zu führen, um die Kugeln einzusammeln.
Wie beim Parkplatzsortierspiel kann der Spieler nur die Bewegungen von nicht blockierten Wasserschweinen steuern, die Behälter mit nach außen zeigenden Richtungspfeilen tragen. Er muss die nicht blockierten Wasserschweine vorsichtig auffordern, sich zuerst zu bewegen, um die Wege für die anderen zu öffnen. Wenn ein Wasserschwein an einem Lotusblatt ankommt, lösen sich die Kugeln, die der Farbe seines Behälters entsprechen, automatisch von einer oder mehreren Formen und werden in die Schlitze des Behälters gelegt. Das Wasserschwein schwimmt dann vom Bildschirm weg.
Cabybara Screw Jam hat fünf freigeschaltete Lotusblätter. Es gibt dem Spieler Zugang zu zwei zusätzlichen Spots, wenn er Werbung sieht. Außerdem kann er ein schwieriges Level mit Werbeeinblendung überspringen, indem er eine Vorwärtspfeiltaste oben links drückt. Auch unterhalb des Flusses erhält der Spieler drei Booster. Sie können drei Container automatisch aufladen, alle verbleibenden Wasserschweine auffrischen oder neu positionieren und jedes Fluss-Wasserschwein auf ein Lotusblatt mit Werbeansicht ziehen oder übertragen.
Das Spiel bietet nicht nur Sortierspaß. Der Spieler kann Charaktere zu verschiedenen Inselorten hinzufügen, indem er die Kugeln als Wurfgeschosse benutzt, um Puzzleteile zu entfernen, die Bilder bestimmter Wasserschwein-Charaktere abdecken. Sobald sie ein Bild vollständig aufgedeckt haben, können sie die Figur an einen Ort bringen.