Butterfly Kyodai HD ist eine hochauflösende Version des beliebten Connect-Spiels, das eine Vielzahl von Schmetterlingsflügeln auf einem Steingitterbrett inmitten eines Wasserbeckens zeigt. Das Ziel des Spielers ist es, alle Flügel vom Brett zu entfernen, indem er sie paarweise zusammenbringt. Das Spiel erschwert diesen Prozess durch eine Zeitvorgabe.
Wenn der Spieler es nicht schafft, alle Flügelpaare zu entfernen, bevor die Zeit abgelaufen ist, verliert er das Spiel. Der Spieler kann nur Flügelpaare bilden, die auf der Innenseite oder an den Rändern des Spielbretts nebeneinander liegen oder die nicht von anderen Flügeln blockiert werden, die nicht zueinander passen. Der erste gewählte Flügel leuchtet weiß und pulsiert an seinem Platz auf dem Spielbrett, bevor der Spieler ihn mit einem zweiten Flügel paart. Bei erfolgreicher Übereinstimmung gleiten die Flügel zusammen und bilden einen Schmetterling.
Butterfly Kyodai HD bietet zwei Werkzeuge, die dem Spieler helfen, die Übereinstimmungen auf dem Spielbrett zu finden. Mit dem Zauberstab-Button wählt das Spiel zwei übereinstimmende Flügel aus, hebt sie grün hervor und lässt sie an ihrem Platz pulsieren. Mit dem Doppelpfeil-Knopf ordnet das Spiel alle Flügel neu an, um dem Spieler mehr Übereinstimmungen zu bieten.