Butterfly Kyodai Deluxe 2 ist ein zeitlich begrenztes Connect-Spiel, bei dem Schmetterlingsflügel anstelle von traditionellen Bildern und Steinen verwendet werden. In einer friedlichen sommerlichen Umgebung muss der Spieler Paare von Schmetterlingsflügeln zusammenfügen, um Schmetterlinge auf einem zweifarbigen grauen Schachbrett zu bilden.
Obwohl das Spiel mit einfachen Klick-Tipp-Zügen gespielt wird, um Paare auszuwählen, bietet das Spiel viele Herausforderungen. Der Spieler kann nur zusammenpassende, nebeneinander liegende, gestapelte und an den Rändern liegende Flügel oder solche, die über eine Lücke entlang der Ränder oder des gesamten Spielbretts verlaufen, die nicht mehr als zwei 90-Grad-Winkel oder drei weiße, grün umrandete Linien umfasst, miteinander verbinden. Sie müssen das Brett abräumen, bevor die Zeit auf dem blauen horizontalen Zeitbalken abläuft.
Das Spiel erschwert das Spiel auch, indem es einige Flügel mit ähnlichen Farben und Mustern präsentiert. Jeder Schmetterling, der vom Bildschirm wegfliegt, wird von einem Schwall weißer Sterne begleitet. Diese Sterne lösen sich nicht schnell genug auf. Stattdessen blockieren die Sterne das Spielfeld ein wenig. Mit der Zeit erhöht das Spiel die Anzahl und Art der Herausforderungen. So muss der Spieler zum Beispiel Spiele durchführen, bei denen eine oder mehrere Kanten des Spielbretts durch Sträucher blockiert sind.
Butterfly Kyodai Deluxe 2 bietet dem Spieler mehrere Booster-Tools, darunter die Optionen Einfrieren, Hinweis und Mischen. Mit dem Schneeflocken-Freeze-Button können sie den Timer für ein paar Sekunden einfrieren. Mit der Hinweis-Schaltfläche lässt das Spiel die Quadrate hinter einem passenden Paar weiß aufleuchten. Mit dem Shuffle-Button werden die Flügel auf dem Spielbrett neu angeordnet, was zu mehr nebeneinanderliegenden und gestapelten Übereinstimmungen führt.
Wenn der Zugang zu Boostern endet, kann der Spieler weiteren Zugang erhalten, indem er über die Ringkalender-Taste auf dem Startbildschirm tägliche Belohnungs-Geschenkboxen öffnet oder Werbevideos ansieht.
Der Spieler kann auch die Flügel und den Hintergrund des Spielbretts mit Münzen verändern, die er nach jedem Spiel gewinnt. Er kann zusätzliche Münzen verdienen, indem er sich Werbung ansieht.