Bubble Shooter Hexagon ist ein zeitgesteuerter Bubble Shooter mit einem prähistorischen Thema. In der Nähe eines dämmrigen Sees in einem von hohen Klippen gebildeten Tal, zwischen steilen Felswänden und vereinzelten Tannen und anderen Bäumen, schießt der Spieler mit einem aus einem Stück Draht geformten Pfeilschussgerät sechseckige, gemusterte Geschosse auf Reihen von Blasen. Das Ziel ist es, Gruppen von drei oder mehr Blasen der gleichen Art zu bilden. In 48 Levels versuchen sie, die höchste Punktzahl zu erreichen, bevor die Zeit auf der Uhr abläuft oder die Blasen auf den Boden rutschen.
Die glänzenden Sechseckblasen platzen nicht sofort. Wenn der Spieler eine Gruppe bildet, werden alle passenden Blasen kleiner, brechen auseinander und verschwinden dann. Sie können direkt auf die Reihen schießen oder die schwer einsehbaren Seitenwände für Schrägschüsse nutzen. Außerdem können sie nicht übereinstimmende Blasen entfernen, indem sie eine Ansammlung bilden, die mit den nicht übereinstimmenden Blasen verbunden ist. Dieses Lawinenmanöver beseitigt mehrere passende und nicht passende Sechseckblasen mit einem Schuss.
Bubble Shooter Hexagon belohnt den Spieler mit Standard- und Zeitbonuspunkten. Mit dem Zeitbonus erhält der Spieler 10 Punkte für jede verbleibende Sekunde am Ende eines Levels. Bei einer verbleibenden Zeit von 14 Sekunden erhält er beispielsweise 140 Punkte. Schafft er es jedoch nicht, das Level rechtzeitig zu beenden, muss er sich ein Werbevideo ansehen, um fortzufahren oder ganz von vorne anfangen.
