Bubble Shooter Arena ist ein Spiel, in dem Blasen geplatzt werden und das die bekannte Zuma-Mechanik verwendet. Es enthält auch ein Wettbewerbselement. In einer trockenen Wüstenregion zerstört der Spieler Züge auf Schienen, die aus rollenden Blasenbällen bestehen, während er an antiken Bauwerken und Wasserstellen vorbeifährt. Der Spieler versucht, so viele Punkte und Münzen wie möglich zu sammeln und besondere Erfolge zu erzielen. In Boss-Levels versucht er außerdem, die Zeiten anderer Spieler zu schlagen und die Bestenlisten zu erklimmen.
Der Spieler erhält einen Frosch-Shooter und eine Fadenkreuz-Ziellinie, mit der er präzise Schüsse abgeben kann. Im Shooter erhält er ein primäres Bubble-Ball-Projektil im Maul des Frosches und ein sekundäres in seinem Kopf. Um keinen Schuss zu vergeuden, können sie diese beiden Geschosse jederzeit austauschen. Wenn es auf dem Zug kein Streichholz gibt, können sie auch ein Projektil seitlich davon wegschießen.
Das Spiel erlaubt es dem Spieler nur, Gruppen von drei oder mehr übereinstimmenden Kugeln zu zerstören, die das Projektil enthalten. Wenn eine Gruppe zerplatzt, hören die Kugeln vor ihr normalerweise auf, vorwärts zu rollen. Wenn die Kugeln in dieser Hälfte mit der Vorderseite der hinteren Hälfte übereinstimmen, rollt das Spiel die Vorderseite in die Rückseite und lässt die verbundenen, übereinstimmenden Kugeln automatisch platzen.
Bubble Shooter Arena beendet das Spiel, wenn der Spieler zulässt, dass der Zug ein wirbelndes Portal am Ende der Strecke erreicht. Allerdings kann der Spieler mit Hilfe von Power-Ups die Bubble-Bälle schneller zum Platzen bringen. Mit Münzen oder Werbeeinblendungen kann der Spieler explosive schwarze Bomben und Feuerbälle, rasende Raketen und zeitstoppende Schneeflocken einsetzen.
