Brainrot Boing Boing Merge ist ein Suika-Merge-Spiel mit einem ähnlichen Thema wie Merge Fellas und Merge Merge: Brainrot Drop. Es zeigt Brainrot-Charaktere aus bekannten Online-Wettbewerben und Memes. Das Ziel des Spielers ist es, passende Charaktere zu fusionieren, um schließlich Tralalero Tralala zu erschaffen.
Das Spiel zeigt einen durchsichtigen Behälter vor einem sich bewegenden Hintergrund. Im Inneren des Containers befindet sich ein primäres Drop-Charakter und eine dynamische gestrichelte Ziellinie. In der oberen rechten Ecke wird eine Vorschau auf die nächste Figur angezeigt. Unterhalb des Containers werden Silhouetten der möglichen Fusionsergebnisse auf einem Evolutionspfeil angezeigt.
Wenn der Spieler passende Brainrot-Charaktere zusammenführt, deckt er verdeckte Charaktere auf dem Pfeil auf. Er kann aber auch die Charakterhäute weiterentwickeln. Am Ende einer Runde schalten sie neue Versionen der Charaktere frei, mit denen sie verschiedene Evolutionsergebnisse erzielen können.
Brainrot Boing Boing Merge erzeugt bei der Verschmelzung eine explosive Kraft, die dazu führen kann, dass sich die Charaktere in unerwünschte Positionen verschieben. Der Spieler muss warten, bis die Verschmelzung beendet ist, bevor er die nächste Figur fallen lässt, oder er riskiert, dass er eine bestimmte Verschmelzung nicht abschließen kann. Wenn er den Container schütteln möchte, um neue Verschmelzungen zu erzwingen oder Platz für weitere Verschmelzungen zu schaffen, kann er die Schütteltaste oben rechts verwenden. Sie müssen sich lediglich eine Anzeige ansehen.