Im Boeing Flight Simulator 3D übernimmt der Spieler als Pilot die Kontrolle über ein Verkehrsflugzeug und muss bestimmte Flugaufgaben erfüllen, z. B. weiße Rahmen in der Luft durchfliegen und Passagiere zu Zielflughäfen bringen und dort absetzen. Mit jeder erfolgreichen Reise erhält der Spieler Zugang zu weiteren Flughäfen sowie Bargeld und Münzen, um Treibstoff und Flugzeug-Upgrades zu bezahlen.
Dieser Simulator zeigt kein Cockpit. Stattdessen verwendet der Spieler schwebende Werkzeuge im Vordergrund von Außenszenen und Außenaufnahmen des Flugzeugs. Das Spiel gibt dem Spieler die Möglichkeit, die Kameraansicht zu wechseln, um das Flugzeug, die Landebahn und andere Umgebungen aus verschiedenen Perspektiven zu sehen. Außerdem gibt es leuchtend grüne Führungslinien am Himmel, die die richtige Route zum Ziel anzeigen.
Boeing Flight Simulator 3D erfordert, dass der Spieler das Flugzeug mit der Tastatur nach oben, unten, links und rechts steuert und dabei die künstliche Horizontblase oder die Höhenanzeige und die Treibstoffanzeige im Auge behält. Andernfalls nimmt der Spieler mit der Maus oder einem Touch-Device Einstellungen vor, wie z. B. das Schieben der Schubhebel zum Beschleunigen und Abbremsen und das Drücken der Tasten für Fahrwerk und Bremse.
