Block Puzzle Tropical Story ist ein Blockpuzzlespiel. Auf einer tropischen Insel muss der Spieler aus neun Blöcken horizontale und vertikale Linien und Untergitterabschnitte auf 9x9 Sudoku-ähnlichen Brettern bilden und dabei Polyomino-Formen verwenden, um in verschiedene Bereiche des Paradieses zu reisen. Außerdem müssen sie Gegenstände aus einzelnen Blöcken entfernen und andere Aufgaben erfüllen.
In jedem Level erhält der Spieler die Anweisung, bestimmte Ziele anzusteuern, z. B. eine bestimmte Anzahl ganzer Blaubeeren, Kokosnuss- und Kiwi-Hälften, Wassermelonenscheiben oder andere Obstsorten. Sobald sie ein Ziel erreicht haben, gelangen sie in den nächsten Level. Sie müssen 10 Levels abschließen, um den nächsten Ort zu besuchen.
Der Spieler erhält die Polyomino-Formen auf einer linken Tafel in Dreiergruppen. Er muss alle Formen verwenden, bevor er Zugang zu weiteren Formen erhält. Wenn der Platz auf dem Brett knapp wird, kann er Booster verwenden, um unerwünschte Blöcke zu entfernen. Mit einem Drehwerkzeug können sie eine Form auf der Tafel drehen. Mit einem Raketen-Booster können sie eine vertikale und eine horizontale Linie gleichzeitig entfernen. Eine Bombe schließlich entfernt mehrere Blöcke in einem Explosionsradius.
Block Puzzle Tropical Story belohnt den Spieler mit Münzen. Wenn er die Levels an einem Ort abschließt, erhält er ein Geschenk, das zusätzliche Herzleben und Booster enthält. Er kann auch mehr Münzen verdienen, indem er sich Werbevideos ansieht. Mit den Münzen können sie jederzeit während des Spiels eines Levels Booster kaufen.