Ball Sort Master ist ein Sortierspiel mit einem Laborthema. Die Spieler sortieren farbige Glaskugeln in Reagenzgläsern, bis sie einfarbige Kugelstapel bilden. Außerdem versucht er, so viele Münzen wie möglich für seine Bemühungen zu verdienen.
Das Spiel zeigt zunächst einfache Reagenzgläser. Der Spieler wählt eine Kugel aus, die das Spiel dann automatisch entweder in ein leeres Reagenzglas oder in ein Feld über einer Kugel, die ihrer Farbe entspricht, legt. Gibt es mehr als eine Möglichkeit, muss der Spieler ein bestimmtes Gefäß auswählen. Dabei erhält er über jedem Reagenzglas Hinweise, die ihm die Richtung vorgeben.
Wenn der Spieler Schwierigkeiten hat, die Kugeln zu sortieren, kann er die Hilfsmittel in der Mitte des Spielfelds nutzen, um sich zu helfen. Er kann einen Rückwärtspfeil wählen, um einen Zug rückgängig zu machen, oder eine Glühbirne, um eine einzelne Kugel automatisch zu verschieben. Er kann auch eine Schaltfläche mit einem Reagenzglas und einem Pluszeichen ( ) verwenden, um einen zusätzlichen Kolben zum Spielfeld hinzuzufügen.
Ball Sort Master bietet eine große Auswahl an Skins für die Kugeln und Reagenzgläser. Der Spieler kann auch das Hintergrundthema ändern. Um diese Optionen freizuschalten und zu nutzen, müssen sie lediglich Werbung sehen.
Das Spiel zeigt auch die Rangliste des Spielers auf einem globalen Leaderboard an. Der Spieler kann sie über die Schaltfläche unten links aufrufen.