Ball Sort: Color Puzzle ist ein Kugelsortierspiel in der Unterkategorie der Laborspiele, bei dem der Spieler normalerweise farbige Kugeln oder Flüssigkeitsstreifen sortieren muss. In diesem Spiel ordnet der Spieler glänzende farbige Kugeln, die wie Glasmurmeln aussehen, in Reagenzgläsern neu an. Ziel ist es, alle Kugeln in einfarbige Stapel zu sortieren und neue Level freizuschalten.
Das Spiel sortiert nicht wie andere ähnliche Spiele automatisch Ministapel aus passenden Kugeln. Stattdessen muss der Spieler die Fläschchen Kugel für Kugel füllen, auch wenn er einen Ministapel mit zwei oder mehr passenden Kugeln umfüllen muss.
Der Spieler kann die Kugeln in ein leeres Gefäß oder in eine Lücke über einer farblich passenden Kugel schieben. Wenn das Reagenzglas nicht genug Platz hat, muss der Spieler eine andere Sortierlösung finden.
Ball Sort: Color Puzzle erhöht mit der Zeit die Anzahl der farbigen Kugeln und Reagenzgläser. Außerdem kann der Spieler mit einer Doppelpfeiltaste oben links ein Level jederzeit neu laden. Außerdem gibt es oben rechts Schaltflächen, die die Option zum Nachladen meist überflüssig machen. Mit der Zurück-Pfeiltaste kann der Spieler seinen letzten Zug rückgängig machen oder mit der mit einem Kolben markierten Taste ein leeres Reagenzglas auf das Feld stellen.
Die erste Taste ist nach fünfmaligem Gebrauch nicht mehr verfügbar, aber das Spiel setzt sie mit jedem neuen Level zurück. Um die zweite Taste zu benutzen, muss der Spieler lediglich ein Werbevideo ansehen.