Animal Merge: Bubble Shooter ist ein Zusammenführungsspiel, das die Mechanik eines Bubble Shooters nutzt. Der Spieler muss Seifenblasen so lenken, dass sie passende Seifenblasen treffen, um versteckte Tiere zu entdecken und die Ziele der einzelnen Level zu erreichen.
Die Blasen funktionieren wie Bälle, die gegen andere Blasen und die Seitenwände prallen. Zu Beginn erhält der Spieler Blasen mit horizontalen weißen Linien, die die Tiere verbergen. Er ordnet die Bälle anhand der Farbe zu, die sich von den Linien abhebt. So kann er zum Beispiel eine Kugel mit grauen und schwarzen Farben und weißen Linien auf eine passende Kugel lenken, um einen Panda zu enthüllen. Sie wiederholen diesen Vorgang mit zwei weiteren passenden Kugeln mit Linien. Nachdem sie zwei identische Tiere in Blasen aufgedeckt haben, schießen sie eine auf die andere.
Animal Merge: Bubble Shooter gibt dem Spieler eine begrenzte Anzahl von Zügen. Der Spieler kann die verbleibende Anzahl auf der linken Seite des Bildschirms über dem Bereich für die Sammelziele beobachten. Schafft er es nicht, die weißen Linien zu entfernen, indem er Blasen auf nicht passende Blasen schießt, erscheinen mehr Blasen auf dem Spielfeld.
Das Spiel hilft dem Spieler, indem es ihm verschiedene Sammelwerkzeuge zur Verfügung stellt, darunter Bomben, die Explosionen erzeugen, die Blasen in neue Positionen verschieben, Magnete, die automatisch Tiere sammeln, und Lupen, die passende Blasen zusammenziehen, um Tiere aufzudecken und zu sammeln. Außerdem stehen dem Spieler eine dreifache Pfeillinie zum besseren Zielen beim Schießen, wirbelnde Portale zum Verschieben von Blasen an höher oder tiefer gelegene Stellen auf dem Spielfeld und zerbrechliche Holzkisten zur Verfügung, die zusätzliche Blasen zum schnelleren Einsammeln freilegen.