Sort Colored Balls Puzzle er et tredimensionelt sorteringsspil. På en mørkeblå baggrund med gradient sorterer spilleren en blanding af farvede kugler i reagensglas på tværs af niveauer. Hovedmålet er at omarrangere kuglerne, så hvert reagensglas kun fyldes med én farve. De andre mål er at vinde mønter og stjerner og låse op for alle niveauer.
Spilleren placerer en eller flere farvematchende kugler oven på identiske kugler eller i tomme reagensglas. I modsætning til lignende spil kan de vælge en stak farvematchende kugler af enhver størrelse. Spillet deler automatisk stakken.
Hvis spilleren for eksempel vil overføre to blå kugler til en tom plads over en blå stak, hvor der er plads til begge, overfører spillet automatisk hele stakken. Hvis der kun er plads til én, opdeler det gruppen ved at overføre en enkelt kugle og efterlade den anden.
Sort Colored Balls Puzzle belønner spilleren med flest mønter og stjerner som en tidsbonus. Derfor skal spilleren blive færdig med at omarrangere kuglerne så hurtigt som muligt inden for et ukendt gennemsnitligt antal sekunder.
Spillet hjælper spilleren med at bevæge sig hurtigere med tre værktøjer. De kan bruge en knap med et spørgsmålstegn (?) for at se et hint. De kan bruge en knap med et plustegn ( ) og et reagensglas-ikon til at tilføje en tom ekstra beholder til feltet. De kan bruge en tilbage-pil-knap til at vende et eller flere tidligere træk.