Seat Jam 3D er et sorteringsspil, der kræver, at spilleren sorterer pindepassagerer i togvogne til deres korrekte pladser på tværs af niveauer. Spilleren får et begrænset antal trin til at udføre denne opgave, som vises øverst på skærmen under niveauets nummer. Når det lykkes, får man flere muligheder for at samle mønter, som man skal bruge til at opdatere løbesporene bag passagererne til forskellige farver og former.
Spilleren får adgang til en top-down-visning af en togvogn, der har grønfarvede siddende passagerer og røde siddende og stående. De bruger bogstavet og tallet, der vises på toppen af hver rød passagers hoved, og tallene på vognens kanter til at placere hver enkelt korrekt.
For at få denne proces til at fungere kan spilleren være nødt til at flytte andre siddende eller stående passagerer til nye positioner. Spillet bekræfter korrekt placering ved at gøre de røde passagerer grønne. Hvis spilleren ønsker at udføre særlige handlinger, som f.eks. at bytte om på to passagerers positioner med ét skridt, kan de få adgang til boostere i bunden af skærmen via annoncevisninger.
Seat Jam 3D giver spilleren tre mystiske kister og møntgevinster ved afslutningen af hvert niveau. Spilleren kan også samle mønter ved at acceptere daglige bonusser.
Hvis spilleren ikke har noget imod at se reklamevideoer, kan han samle en masse ekstramateriale, f.eks. 2.000 gratis mønter på startskærmen, daglige opgavebelønninger, der er tilgængelige via Quest-ikonet på samme skærm, multiplikatorer af alle møntgevinster og endda ekstra mystiske kister og særlige løbestier. Hvis de løber tør for trin, kan de også genoplive deres spil i stedet for at genstarte niveauet med en annoncevisning.
