Pop Puzzle er et sorteringsspil med en poppende komponent. I et stort hav skal spilleren sortere og poppe farverige skiver, der ligger på hvide søjler i stakke af blandede farver. De skal poppe alle diske, før de løber tør for træk.
Spillet viser antallet af træk i det øverste centrale område over havet. Stablerne er forskellige for hvert niveau. På et niveau skal spilleren måske kun sortere to farver på tværs af to stakke. På et andet niveau skal de måske stable seks eller flere farver på tværs af tre eller flere stakke.
Spilleren laver mini-stakke, der indeholder tre eller flere matchende skiver. Nogle gange forårsager kraften fra poppingen en kædereaktion. For eksempel, når tre matchende diske popper i en stak, kan en eller flere farvematchende diske øverst i en anden stak også poppe. Og hvis spilleren popper en ministak med ikke-matchende diske ovenpå, kan en eller flere diske, der falder ned gennem hullet på matchende diske længere nede, også poppe.
Pop Puzzle`s regler er ikke hugget i sten. Popping-kraften og eventuelle efterfølgende kædereaktioner kan få tilfældige skiver i en hvilken som helst stak til at poppe på plads. Selv hvis en kædereaktion ikke får diske til at poppe, tilbyder spillet tre værktøjer til at gøre det lettere at poppe.
Under søjlerne kan spilleren bruge shuffle-, bombe- og hint-mulighederne, hvis de ser reklamer. De kan også bruge reklamevisninger til at fortsætte med fem ekstra træk, hver gang de løber tør og fejler på et niveau.
