Mysterious Pirate Jewels 3 er et match-3-spil på tid i connect-stil med et gitter af sekskantede former. På 45 niveauer skal spilleren forbinde og frigive juveler, også kendt som sekskanter, fra gitteret i grupper for at bryde og fjerne farvede baggrunde. Deres primære mål er at optjene standard- og bonuspoint gennem kampe, før tiden løber ud, og gennemføre alle niveauer.
I stedet for at bruge et begrænset antal forbindelseslinjer forbinder spilleren tre eller flere matchende juveler med farvematchende pile i alle retninger. Når spilleren fuldfører et match, får spillet de matchende felter til at forsvinde i gnister og udfylder derefter de tomme pladser på nettet med nye felter. Det fjerner straks enhver lyserød baggrundsfarve fra nettet. Med enhver anden farve, f.eks. blå, fjerner det kun den øverste farve. Spilleren skal udføre endnu et match for at fjerne den lyserøde farve.
Mysterious Pirate Jewels 3 oplader flere boostere i nederste højre hjørne, når hver kamp er afsluttet. Spilleren kan bruge en tilbage-pil til at fortryde sit sidste træk. Med tiden forvandles den samme knap til to pile, der blander fliserne. Spilleren kan også trække en hammer hen til gitteret for at frigøre matchende og ikke-matchende juveler.
I løbet af spillet fyldes pladserne også med særlige genstande, herunder regnbuefarvede ovale felter, der fungerer som jokere for at matche enhver juvel, en lysende oval kugle, der fungerer som et lyn for at fjerne alle felter, der matcher dens farve, og et timeglas, der tilføjer mere tid til uret.
