Mushroom Blocks er et blokpuslespil med elementer af glidende fliser som Funkee Worms og Haru Panda Slide. I et blåt rum med tapet med svampetema og blå lysarmaturer, der lyser op mellem mystiske trædøre, forsøger spilleren at skabe vandrette linjer i Tetris-stil på et tofarvet grønt 8x10-skakbræt med forskellige størrelser og typer af antropomorfe svampe. Deres primære mål er at optjene så mange point og gyldne svampemønter som muligt.
For at skabe linjer skal spilleren skubbe svampe til venstre eller højre for at slippe brikkerne ind i hullerne i de vandrette rækker. For hver tur skubber spillet flere svampe ind på brættet fra bunden. Spilleren må aldrig lade svampene hobe sig op til toppen af brættet. Når det sker, skal de starte forfra.
Mushroom Blocks giver spilleren flere nyttige værktøjer, herunder en forhåndsvisning af den næste vandrette række af svampe i et skraveret område under brættet og særlige svampeforstærkere. De kan bruge forhåndsvisningen til at planlægge deres næste træk. De bruger boosterne til at skabe linjer hurtigere og mere effektivt. De kan f.eks. bruge en booster til at ødelægge en enkelt blok, der er i vejen, eller dele en svamp i to mindre.
Spilleren kan købe eller vinde booster-belønninger. For at købe boostere skal de bruge butiksknappen i øverste højre hjørne. For at vinde boostere skal de vælge svampe, der dukker op i åbne døråbninger, hurtigt nok til at optjene point, der oplader en præmiekurv. De kan også åbne døre i et andet område ved hjælp af billetter.