Mayan Marbles er et boblespil, der foregår i områder, der engang blev regeret af mayaerne. På tværs af 25 steder, der omfatter landsbyer, templer, jungler og flodområder, forsøger spilleren at fjerne boblekugler, der er fastgjort til en central pæl med en gylden maske, før tiden løber ud. De forsøger også at optjene høje bonuspoint ud over de almindelige.
Pælen roterer i forskellige retninger med kuglerne fastgjort til den som et hjul. Spilleren bruger en stiliseret metalpilespids på en stenplatform til at skyde matchende kugleprojektiler mod mønsteret. De kan kun ramme grupper på tre eller flere matchende kugler. Hvis det ikke lykkes, venter spillet, indtil en vandret rød bjælke mister farve, og sætter så flere bobler på hjulet. Når det lykkes, brister boblerne og frigiver farvet røg, som derefter forsvinder.
Mayan Marbles viser den røde straffebjælke, det aktuelle niveau og spillerens aktuelle score på et træpanel, der er fastgjort til en stensøjle til højre for banen. Det bruger også dette område til at vise timeren, der tæller ned til nul.
