Math Gardens er et talpuslespil og et renoveringsspil. En bypige ved navn Emily har brug for spillerens hjælp til at rengøre og renovere et tag for at skabe en urban have. Spilleren udfører hver renovering, når de har optjent nok stjerner ved at løse matematiske ligninger.
Under matematikspillet får spilleren to eller flere overlappende matematiske ligninger i et layout, der ligner kolonnerne og rækkerne i en krydsord. Spillet viser nummererede brikker under ligningsområdet. Spilleren skal placere disse brikker i de rigtige positioner for at fuldføre ligningerne. Når de er færdige med et niveau, får de en stjerne.
Math Gardens får til sidst spilleren til at vælge en blomsterpotteknap i nederste venstre hjørne på byskærmen og købe en renoveringsservice med en eller flere stjerner. Derefter udfører den automatiserede renoveringshandlinger, såsom at fjerne affald og stående vand fra taget, plante vinstokke og andre grønne planter og blomster og anlægge en havesti.
Hvis spilleren sidder fast, mens han prøver at løse ligninger, kan han bruge ædelstene, som han vinder i slutningen af hvert niveau, til at betale for nyttige værktøjer. Forstørrelsesknappen afslører et enkelt tal. Bullseye-knappen afslører en hel ligning.
Hver dag beder spillet også spilleren om at nå forskellige mål, som det ses, når spilleren vælger en gylden blomsterformet seglknap over blomsterpotten. Når man har gennemført alle dagens mål, får man en belønning i form af en skattekiste.
Spilleren kan også udføre månedlige missioner. De vælger en tjeklisteknap i øverste venstre hjørne og spiller derefter daglige matematiske ligningsspil for at tjene en månedlig belønning.
