Magic Flow er et væskesorteringsspil. Spilleren hjælper en kat, der bruger magi, og som ejer en butik med eliksirer, med at lave eliksirer ved hjælp af flasker fyldt med forskellige væsker, der flyder i bånd baseret på farve. De skal sortere hver type, indtil de laver ensfarvede eliksirer.
Spillet har to tilstande (dvs. Story Mode og Endless Challenge). I Story Mode gennemfører spilleren bestillinger af potions i poser i en historie, der foregår niveau for niveau. I Endless Challenge skal man sortere væsker og fylde flasker i en reol, indtil tiden løber ud på en grøn timer. Hver fyldt flaske giver et par ekstra sekunder til uret, hvilket betyder, at de teoretisk set kan spille i det uendelige. I begge scenarier gemmer spillet automatisk de færdige eliksirer.
Magic Flow har flere værktøjer til at hjælpe spilleren. De betaler for denne hjælp med mønter eller får dem som belønning for at udføre bestemte handlinger som f.eks. daglige check-ins og visning af reklamer. De kan også tjene ekstra mønter og låse op for værktøjer med annoncevisninger. Derudover låser annoncevisninger op for ekstra tomme flasker og farvematchende bestillingsposer i Story Mode.
En værktøjsmulighed er en shuffle-booster, der flytter rundt på væskerne i to udvalgte flasker i Story Mode og alle flasker i Endless Challenge. Spilleren kan også bruge et hint-værktøj til at afsløre to flasker, der har matchende væsker, og en tidsbooster til at tilføje ekstra tid til Endless Challenge-timeren.
