Jelly Run 2048 er et dash racing-puslespil. Spilleren styrer farverige, nummererede kuber til at udføre parkour- og løbestilbevægelser med kun venstre og højre kontrolbevægelser i løbet af niveauer og uendeligt spil.
Spilleren kontrollerer ikke kun én blok. De kan forbinde og frakoble sammensmeltede kuber for at tjene forskellige formål på løbeturen. De fletter matchende kuber sammen for at skabe højere numre som i det klassiske 2048. Derudover samler de ædelstene, mens de omgår forhindringer. De tjener yderligere ædelstene, når de låser op for nye niveauer.
Jelly Run 2048 som terningeløb byder på masser af action og forhindringer. Spilleren kan dele en terning i to lige store terninger og derefter fusionere terningerne med matchende terninger eller absorbere terninger med lavere numre. De kan derefter flette de to terninger sammen for at skabe en terning med et højere nummer.
Med enkelte og delte kuber kan spilleren også skubbe ikke-matchende kuber med højere numre i nye retninger af vejen eller gennem forhindringer. De kan bruge racerbanestrukturer som delte stier og ramper til at omgå roterende søjler og hjul med pigge, svingende økser, røde reduktionsporte og andre forhindringer og trusler. Desuden kan de samle nøgler til at låse døre op og bruge grønne porte til at multiplicere terningværdier.
Spillet byder også på flere bonusrunder og sideoplevelser. For eksempel kan spilleren vælge bygge- og minedriftsmuligheder.