Hexa Master 3D: Sort Puzzle er et sorteringsspil med en byggekomponent. Spilleren bygger smukke scener på flydende små øer med farverige sekskantede træfliser kaldet hexas, som de indsamler via sorteringshandlinger. De omarrangerer stakke af fliser i blandede farver på et gitter for at skabe nye stakke, der indeholder farvematchende fliser.
Spilleren modtager et sæt med tre stakke ad gangen. De flytter brikkerne til gitterfelter i positioner, der gør det muligt for de øverste brikker at vende automatisk til farvematchende brikker i toppen af tilstødende stakke. De bliver ved med at placere stakke, indtil de har samlet nok brikker, hvilket bestemmes af et mål, der vises i øverste venstre område ved siden af en regnbuestribet brik.
Hexa Master 3D: Sort Puzzle har fire boostere. Spilleren kan bruge en hammer til at fjerne en hvilken som helst stak, en handske til at bytte om på to stakke, dobbeltpile til at blande uplacerede stakke med nye og en bombe til at rydde både en valgt stak og andre i en radius omkring den. De kan også åbne flere rum med reklamevisninger.
Byggekomponenten involverer ikke sammenlægninger i et håndværksscenarie. I stedet bruger spilleren de indsamlede fliser til automatisk at konstruere de flydende øer. I skrivende stund omfatter tilbagetrækningsstederne Royal Pavilion, Zen Garden, Flower Field, Sakura Cabin og Mushroom Home. Spillets udviklere tilføjer nye fra tid til anden.
Spillet giver også spilleren mulighed for tilfældigt at låse op for nye baggrunde med mønter. De tjener yderligere mønter ved at se reklamer og indsamle daglige belønninger og belønninger for opgaver, præstationer og skattekister.
