Flag Puzzle Jam: Collect Flags er et pædagogisk puslespil med et match-3-sorteringselement. Spilleren vælger smalle stofstrimler i sæt af tre for at skabe flag. Ved slutningen af hvert niveau får de navnet på det land, der er repræsenteret af et flag, og guldmønter som belønning.
Spillet foregår på en træbordplade med udskæringer. I midten af spillepladen modtager spilleren enkelt- eller flerlags rullede og udrullede stofstrimler i en sektion. De skal vælge strimlerne i den rigtige rækkefølge for at matche et eller flere flag, der præsenteres som falmede billeder i sektioner nær toppen af bordet.
Flag Puzzle Jam: Collect Flags giver spilleren flere metoder, der gør det lettere at sortere disse strimler. De modtager tomme pladser, der er designet til at rumme rullede strimler. De bruger disse pladser som frie celler, når de skal fjerne en eller flere strimler for at afsløre delvist skjulte brikker. Til at begynde med får de tre pladser. På niveau 10, 15, 21 og 28 låser spillet op for flere.
Spilleren får adgang til booster-lignende værktøjer under midterområdet, der omfatter knapper til genindlæsning af niveau, fortrydelse af sidste træk og blanding. De betaler for adgangen med møntbelønninger. De kan fordoble deres belønninger ved slutningen af hvert niveau ved at se videoer.