Cute Cubes er et blokpuslespil med søde antropomorfe kuber i polyomino-former. Spillerens mål på tværs af tilstande og niveauer er at fylde alle de ubrugte rum på spillefelterne med figurerne.
Spillet har seks tilstande (Beginner, Easy, Medium, Hard, Super Hard og Impossible) med mange sjove, unikke niveauer, der kan låses op. På hvert niveau kan spilleren kun udfylde felterne med det sæt figurer, der er til rådighed for det pågældende niveau.
Sværhedsgraden stiger alt efter, hvor mange figurer spilleren får til at udfylde felterne. Med Beginner får de tre til fire figurer og små spillefelter. Derfor er det lettere for en spiller at finde ud af, hvor hver brik skal placeres, fordi der kun er få muligheder.
Cute Cubes gør spillet sværere ved at tilføje ekstra figurer til senere niveauer, f.eks. 11-12 figurer til Super Hard og 13-14 figurer til Impossible. Det gør også niveauerne sværere ved at tilføje forhindringer. For eksempel skal spilleren fra tid til anden sætte figurer rundt om en eller flere faste stenkuber.
Spillet hjælper spilleren på forskellige måder. For eksempel er figurerne ikke klæbrige, hvilket betyder, at spilleren kan placere en figur så mange gange, han vil, i alle tilgængelige positioner. Det giver dem også hints for 50 mønter pr. hint.
Hvis spilleren klarer sig godt, får han mønter og stjerner. Derudover modtager de til sidst gaver.