Cube in Cube er et fusionsspil med 2048-spilmekanik. På en platform i flere niveauer styrer spilleren farvede kuber markeret med tal til at hoppe i forskellige retninger på trin. Deres primære mål under spillet er at fusionere identiske kuber for at skabe kuber med højere numre.
Spillet har en redningstilstand og en endeløs tilstand. I redningstilstanden forsøger spilleren at redde en person inde i et stort bur, der hænger over flammerne. For at komme denne person til undsætning på hvert niveau skal de optjene nok point ved at samle matchende kuber for at opfylde målkravene i øverste venstre hjørne. I endeløs tilstand forsøger spilleren at flette kuberne sammen så længe som muligt og opnå den højeste score. Hvis de klarer sig godt, viser spillet deres score på hovedskærmen ved siden af et trofæ.
Cube in Cube giver kuberne mulighed for at hoppe op, ned, til venstre og højre på platformens trin. Når to matchende terninger smelter sammen, skaber brikkerne et højere nummer. For eksempel skaber to 16-terninger en 32-terning. Hvis spilleren forsøger at lave et spring til et tomt trin, mister han eller hun point. Med tiden tilføjer spillet også ekstra kuber til platformen.
I sidste ende skal spilleren forsøge at fusionere kuber for at nå den flygtige 2048-kube og derefter fusionere ud over dette tal for at se, hvor højt de kan komme.
