Cover Orange 2 er et logik-puslespil. På 60 niveauer bruger spilleren sin viden om fysik til at hjælpe antropomorfe appelsiner med at søge dækning for at undgå dødelig regn, der dræber ved kontakt. De forsøger også at opnå en highscore og tre stjerner pr. bane.
Hver scene præsenterer et kompliceret scenarie, hvor en eller flere appelsiner skal søge dækning under præfabrikerede træplanker eller andre materialer, mens forskellige dyr kigger på. Spilleren skal finde ud af, hvilket "trick" der fungerer bedst for at sikre beskyttelse. Det kan f.eks. være at smide en appelsin foran en kraftig ventilator, så luften ruller den i sikkerhed under en planke.
Spilleren får den højeste score og flest stjerner, når han eller hun finder løsningen og gennemfører opgaven hurtigt. Mens regnskyen driver fra venstre til højre side af skærmen, skal de også lede efter en stjerne, der dukker op i nærheden af et dyr, og vælge den, før dyret skjuler den for dem. Hvis de ikke opnår tre stjerner pr. niveau, kan de bruge en genindlæsningsknap til at prøve igen.
Cover Orange 2 indeholder flere nyttige værktøjer. Spilleren får en halvgennemsigtig forhåndsvisning af flere objekter, som de kan smide ind i en scene i det øverste venstre område. De kan bruge en hurtigspolingsknap nederst til venstre til at fremskynde skyens bevægelse og en separat hurtigspolingsknap nederst til højre til at springe et niveau over.
