Bubble Tower er et afslappet boblespil i stil med Bubble Tower 3D. I et tredimensionelt miljø skal spilleren fjerne mønstre af boblekugler, der er fastgjort til cylindriske tårne, ved at bruge projektiler til at skabe og slippe matchende klynger. De skal fuldføre denne opgave på hvert niveau, før de løber tør for kugleprojektiler. De tjener mønter og låser op for nye, mere udfordrende niveauer for hver sejr.
En bane består typisk af et glat, hvidt søjletårn med kugler i blandede farver, der hænger ned fra siderne nær toppen og midten. Et enkelt projektil ad gangen hviler på et vandret bånd i samme farve i bunden af skærmen. En fane i nederste venstre hjørne viser antallet af tilgængelige boldprojektiler.
Spilleren bruger sine kontroller til at dreje tårnet til venstre eller højre for at justere de laveste mønsterkugler med skyderen. Spilleren kan kun tabe kuglerne, når de danner klynger af tre eller flere farvematchende kugler.
Bubble Tower belønner spilleren med flest mønter, når de ikke bruger alle deres kugleprojektiler. Mønterne hjælper spilleren med at tabe kugler hurtigere med tre boostere under skyderen, der låses op, når de når bestemte niveauer.
