Bubble Dropper er et bubble-popping-spil med en unik spillemetode. I stedet for at have et klassisk layout med en skyder i pegestil, der sigter mod bobler, der hænger i rækker, har det et hul øverst i midten, der lader farverige standard- og power booster-bobler falde ned på en central stolpe, der roterer som et hjul.
Spilleren går ikke efter og skyder på boblerne på hjulet. De leder efter match-3- og booster-muligheder og drejer derefter hjulet ved at lave glidende bevægelser til venstre og højre på en vandret kæde langs bunden af skærmen. Disse handlinger får to tilslørede figurer til at flytte kæden med manuelle håndspil. Spillerens mål er at fjerne alle bobler fra stolpen og opnå den højeste basis- og tidsbonus på tværs af 100 niveauer.
Bubble Dropper præsenterer spilleren for mange forskellige forhindringer, f.eks. is, der skjuler boblernes farver, og solide sten, der ikke kan fjernes. Selvom powerbobler hjælper med at løse nogle af disse udfordringer, genereres boosterne ikke af spillerens handlinger eller tilbydes som separate muligheder.
Spillet lader tilfældige kraftbobler falde ned fra samme hul som de farvede standardbobler. Almindelige kræfter omfatter flammer, der brænder klynger af blandede bobler væk, lyn, der fjerner alle farvematchende bobler, portaler, der trækker en eller flere bobler af enhver farve væk fra spilleområdet, regnbuefarvede boblebade, der forvandles til matchende bobler, og stjerner, der fjerner alle resterende bobler og andre objekter.